Yapımından Sonraki Değişiklikler
1587 yangını, 1648 zelzelesi, 1633-1634 ve 1652 yangınları gibi felaketlerden büyük zarar gördü. Orta kubbesi ve minaresi yıkıldı.
1894 zelzelesinin ardından onarım gördü; 1937-1938, 1956 ve 1980’li yıllarda tekrar tamir edildi.
19. yüzyılda, medresenin caddeye bakan uç kısmı ve bazı hücreleri yıkıldı.
Öne Çıkan Özellikler
Beş kubbeli revaklı bir son cemaat yeri, büyük ana kubbe ve bir yarım kubbeden oluşan ana mekân, mihrap yönünde dikdörtgen çıkıntı ve mukarnaslı pandantiflerle zenginleştirilmiş alanlar.
Şerefeli minaresinin gövdesi stalaktitli çıkmalarla süslenmiştir. 1896 tamirinde Sâmi Efendi tarafından hattı yazılmıştır.
Kervansaray, medrese, sıbyan mektebi, türbe, imaret ve tekke de manzumenin bir parçasıdır, ancak çoğu zamanla harap olmuştur.
Hazirede Osmanlı devlet adamlarının mezarları bulunmaktadır. Hekimoğlu Ali Paşa tarafından yaptırılan barok tarzda bir çeşme de cami duvarına bitişiktir.
