Yapımından Sonraki Değişiklikler
1782 yangınında külliye zarar görmüştür; türbe kısmında hasar kaydı vardır.
1869 tarihli tespitte medrese faaldir.
1894 depreminde külliyeye bağlı sıbyan mektebi yıkılmıştır.
23 Temmuz 1911 Uzunçarşı yangınında külliye kısmen harap olmuştur.
3 Ocak 1919 tarihli tesbitte medrese yangınzedeler tarafından kullanılmıştır.
1943-1950 yılları arasında restorasyon uygulanmıştır.
Medrese avlusunun üstü günümüzde alçı tavan ve sundurma ile kapalıdır; zemin betondur.
Kubbe ortası ve kubbe eteğindeki kalem işleri 1995 yılında yenilenmiştir.
Öne Çıkan Özellikler
Kuyucu Murat Paşa Külliyesi’nin medrese birimidir; külliye medrese, dershane-mescid, türbe, sebil, sıbyan mektebi ve dükkânlardan oluşur.
Üçgen biçimli bir arsa üzerinde, medrese ağırlıklı küçük külliyeler grubu içinde düzenlenmiştir.
Cephede dükkânlar arasında yer alan basık kemerli kapıdan medreseye geçilir.
Yamuk dikdörtgen planlı avluyu giriş yönü hariç üç yönden, baklavalı başlıklı mermer sütunlara oturan sivri kemerli revaklar “U” biçiminde kuşatır.
Medrese odaları 14 adettir; odalar kubbelerle örtülüdür ve dolap-ocak nişleri bulunur.
Avlunun güneydoğusunda kare planlı, kubbeli dershane-mescid yer alır; mihrap nişi eksenden sağa kaydırılmıştır.
Avlu ortasında şadırvan bulunduğuna dair bilgi yoktur.
