Yapımından Sonraki Değişiklikler
Sağ koldaki hücrelerin kubbeleri yıkıldığı için üzerleri boydan boya tonoz örtü ile kapatılmıştır.
Tahsis kararı olmaksızın Fatih Müftülüğü tarafından bir dönem erkek öğrenci Kur’an kursu olarak kullanılmıştır.
Bu kullanım sürecinde sol taraftaki revak kapatılarak mutfak hâline getirilmiştir.
İç mekânda zeminlerin ve duvarların yaklaşık 1,50 m yüksekliğe kadar fayansla kaplandığı; revak aralarının demir doğrama ile kapatıldığı belirtilmiştir.
Son kadastro çalışmalarında medrese ile avlusu ayrı parseller hâlinde tescil edilmiştir.
Öne Çıkan Özellikler
Koca Mustafa Paşa Medresesi adıyla da anılır; Koca Mustafa Paşa Camii’nin güneybatısında konumlanır.
Yaklaşık 9,45 × 9,15 m ölçülerinde bir alan üzerine oturur; 45 derece kırık dış kenarlara sahip dershane kütlesinin iki yanında sekizer hücre bulunur.
Hücrelerin tamamında ocak vardır; her hücrede bir alt ve bir üst pencereyle aydınlatma sağlanır.
Avlunun ortasında bir kuyu bulunduğu belirtilir.
Öneminden dolayı “Mûsile-i Süleymaniye” derecesinde itibar edildiği; vakfiyede talebeye ayrılan toplam ödenek üzerinden medresede muhtemelen 13 öğrencinin bulunduğu değerlendirilir.
953/1546 tarihli kayıtlarda Koca Mustafa Paşa Külliyesi’nin cami, medrese, imaret ve hankah birimlerinden oluştuğu belirtilir.
